Ein Rezept für den besten Brennstoff gibt es nicht. In erster Linie richtet sich die Brennstoffauswahl nach den Gegebenheiten vor Ort, jedoch gibt es einige Unterschiede zwischen den verschiedenen Brennstoffarten.

Der meist verbreiteteste Brennstoff ist Erdgas. Es bietet den Vorteil einer sauberen Verbrennung im Motor. Dadurch ergeben sich lange Wartungsintervalle. Durch den starken Wettbewerb am Erdgasmarkt bewegen sich die Preise für den Rohstoff auf einem sehr konstanten, niedrigen Level.

Flüssiggas wird viel in Gegenden eingesetzt, wo kein Erdgasanschluss möglich ist. Mit einem Flüssiggastank machen Sie sich ein Stück weit unabhängig von externen Versorgern und können so bei Bedarf oder bei günstigen Flüssiggaspreisen Ihren Tank befüllen. Der Wartungsaufwand ist mit einer Erdgas betriebenen BHKW-Anlage vergleichbar.

Wer sein BHKW mit Heizöl betreiben möchte, muss durch höhere Verbrennungsrückstände mit verkürzten Wartungszyklen rechnen. Jedoch ist der Gesamtwirkungsgrad meist etwas höher als beim Erdgas, da Heizöl einen höheren Heizwert aufweist.

Die Alternative Rapsöl / Pflanzenöl ist nur unter sehr speziellen Rahmenbedingungen zu empfehlen und praktikabel. Zum einen gibt es die Herausforderung der Lagerung des Brennstoffs. Eine langfristige Lagerung von Rapsöl gestaltet sich häufig schwierig, da sich das Öl absetzen oder gar ranzig werden kann. Zusätzlich verkürzt sich das Wartungsintervall der BHKW-Anlage nochmals drastisch gegenüber dem Brennstoff Heizöl. Zu empfehlen sind diese Anlagen nur, wenn der Betreiber der BHKW-Anlage gleichzeitig Erzeuger des Brennstoffes ist und diesen bei Bedarf kostengünstig herstellen kann.